水霉病发生的主要原因是鱼体体表受到损伤，原因大致有以下几方面：
（1）运输：在运输过程中，由于鱼体处于相对密集状态，相互挤压或擦伤。
（2）捕捞：在冬季或早春水温较低进行干塘，由于操作不当或拉网时间过长，引发鱼类剧烈跳跃、撞击，造成鱼体体表部分鳞片脱落。
（3）低温冻伤：在冬季寒冷条件下进行拉网起捕，或者囤养池水位过浅，因寒潮等天气引发鱼体冻伤。
（4）冬春季池水过于清瘦，保温性差，易于水霉孢子的游动附着，增加了感染的机率。
（5）池中有死鱼：由于水霉菌是腐生性的，在死亡鱼的尸体上水霉的繁殖速度特别快，进而感染其它受伤的鱼。
（6）体表寄生虫：这种情况的发生，是在晚秋气温下降后，未用最后一次杀虫药，致使体表原先残存下来的寄生虫（如锚头蚤、中华蚤等）得以存活，寄生部位存在伤口。
（7）其它因素：鱼体极度饥饿或营养不良，自身免疫力和对疾病的抵抗力低下等。
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